唐太宗第一次征伐高句丽虽然是攻占了辽东十座城市，但是并没有达到预期目标，唐太宗最终的目标就是灭掉高句丽，但是唐太宗本人要比隋炀帝现实的多，他认为高句丽山城太多不可能一口气吃掉，所以采取逐步蚕食高句丽的领土从而达到彻底瓦解高句丽的目地。
高句丽这边泉盖苏文一看唐太宗可比隋炀帝厉害多了，赶紧装孙子吧，所以在宝藏王五年（646）的六月派遣使者去唐朝谢罪，并且派了美女两名献给唐太宗，唐太宗一看就知道泉盖苏文什么目地，直接送还了两名美女，泉盖苏文一想卧槽给脸不兜着是吧，行无所谓你爱咋咋地所以加紧对于新罗的入侵，唐太宗一看泉盖苏文也是胡来所以在同年的十月份又发布了一道诏书，高丽余烬，谓能悔祸，故遣停兵，全其巢穴。而凶顽成性，殊未革心，前后表闻，类多不实，每怀诡诳，罪极难宥。见朕使人，又亏蕃礼，所令诲云，莫扰新罗，口云从命，侵凌不止。积其奸恶，尝苞祸心，盖天攸弃，岂宜驯养，自今以后，勿听朝贡。这道诏书痛斥了泉盖苏文在唐军撤离后的卑鄙行径，所以从今以后不接受高句丽的朝贡。
宝藏王六年（647）正月的时候，唐太宗召集大臣想想主意怎么收拾一下这个不听话的高句丽，所以有大臣就建议唐太宗：陛下高句丽山城太多，如果我军继续举大兵征讨的话敌人肯定会顽强的抵抗，这是来自敌人的威胁，那么如果出动大军春天正是我们老百姓种粮食的季节，士兵都去前线打仗没有人种粮食大军又得消耗大量的粮草，就算我们攻城拔寨打下来的城池的百姓也是饥不择食，所以不利于我军，我认为您现在不宜亲征直接攻伐他们而是要多次少量的派兵袭扰他们，从而达到逐步消灭高句丽的目的而不能操之过急，唐太宗一想有道理如果继续派大兵讨伐的话势必鸭绿江千里饥荒，到时候不利于我的统治，所以采纳了这个大臣的意见。
这次出兵也是水陆两路并进，水军由左武卫大将军牛进达担任主帅从莱州起兵一万直插石城，陆军三千由李世勖担任主帅从新城方向攻打高句丽，这次虽说唐军的士兵不多但是都很精都是经过挑选出来的。同年五月份李世勖还是老路线渡过辽水从新城方向攻打南苏、木底等城市，遇到了高句丽的激烈抵抗，但是李世勖乃是百战名将自然是碾碎了挡在他面前的所有道路，他拼力冲杀最终攻陷了南苏、木底等城市并且毁掉了这些城市班师回朝，达到了他的战略目地。水军这边成功的进入了高句丽腹地，并且率领军队攻克了高句丽的重镇“石城”，从而完成了这次出兵的战略目地也是凯旋而归，宝藏王一看赶紧求和吧，所以派遣他的儿子高任武入唐谢罪，所以唐太宗决定撤兵，其实也是给个台阶下，第二次征伐高句丽的战争宣布结束。
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